日期:2024-12-04 13:38
本的全基因组重测序数据进行SNP调用。与之前的参考基因组ARS1相比，使用T2T-goat1.0作为参考基因组在reads比对、变异检测方面的表现也有显著改进，T2T-goat1.0作为参考基因组时，reads 比对率有所增加、比对错误率降低。通过质控和过滤，在T2T-goat1.0上鉴定了25,397,794个SNP，其中545,026个位于PURs，而在 ARS1上获得了24,238,138个SNP。
此外，在家养山羊驯化的选择特征分析中，T2T-goat1.0的完整性为识别驯化过程中的选择信号提供了显著优势。基于 T2T-goat1.0 检测的SNP 和SV，研究鉴定了位于PURs的与驯化相关的基因，如NKG2D和A