胶原蛋白肠衣灌装使用过程中应注意以下几点：
1、肠衣如果没有密闭包装，暴露过久，造成肠衣发干；
2、扭结器过紧（拉力建议为500g左右）；
3、灌装管不直，造成同扭结器不同心；
4、肠衣内径同灌装管不匹配，肠衣在灌装过程中不能顺利自动前进；
5、胶原肠衣具有方向性，应按照说明以正确方向套入灌装管；
6、肠衣本身有微孔也会造成灌装破裂。有些肠衣相对较薄，这样可以提供更好口感，但灌装中速度不宜过快。
另外，也要注意灌装重量和肠衣是否匹配，不可灌得太满。
一、保存条件
1、蛋白肠衣保存在厂家的包装里，库房应该是避光、干燥，室温控制在15—25度之间，空气相对湿度为65-75％，冬季保存时离暖气设备不少于1米。
2、蛋白肠衣保存期为12个月。
3、建议包装在使用前打开。如果肠衣在低温下运输﹝如冬季﹞，需要2天内不打开肠衣包装，保持在15—25℃之间回温后再使用。
二、使用前条件的准备
1、套缩肠衣使用前不需要溶液浸泡，但允许肠衣使用前在 15—20℃的水中浸泡几秒钟，增加肠衣的润滑性。
2、卷绕肠衣使用前应在15-20℃的食盐溶液中浸泡1—5分钟，但浸泡后的肠衣应在30分钟内使用完，不能留存。
三、灌装和挂杆技术要求
1、料馅应该充填紧密；
2、充填速度要比尼龙肠衣和纤维素肠衣慢一些；
3、为了防止肠体下坠，建议香肠挂在架子上，一边两根或者总长度不超过400mm。
四、热处理要求
可以先蒸煮后烟熏。
五、冷却条件要求
建议香肠加工完毕后用凉水喷淋、自然冷却或恒温库低温冷却（使产品中心温度降到20-30℃），不允许冷风冷却，否则容易造成肠衣口感发硬，产品表明产生褶皱。
六、捆扎线要求
建议使用亚麻线、亚麻加人造纤维线或亚麻加黄麻线捆扎香肠。
