EFSA在2012-2016年度科学策略中提出四项战略目标：1）进一步加强科学研究能力；2）增强风险评估能力；3）开发食品供应链中风险评估方法并应用；4）加强风险评估及风险监控的科学理论基础。为达到以上目标，EFSA计划建立统一的风险评估实施指导框架，该指导框架具有三方面内容：1）对监测数据、指导文件进行统一管理，比较法规间的差异，识别指导文件及监管数据需求；2）关注相关科学领域发展，按需求建立新指导文件，同时持续审查修订现有文件；3）针对指导文件开展培训，确保其正确实施。
经过对现有风险评估指导文件的审查及适用性评估，EFSA科学委员会认为，需要针对风险评估过程中流行病学研究解读、证据权重法的应用、生物毒理学相关性识别、进口食品风险评估四项内容制定新的指导文件。需要对人口暴露情况评估、风险评估术语指导进行修订。科学委员会目前正在修订的指导文件还包括：环境风险评估指导、风险评估中不确定性及食品中过敏原风险评估指导。
科学委员会认为，EFSA应当密切关注科技进展，评估重大科学发现对食品风险评估过程的影响。同时建议EFSA积极加强与其他国家、国际风险评估机构的合作。
