全市现有纯外血缘原种猪场2家，存栏基础母猪近5000头，年培育合格祖代种猪4万头以上。四川天兆畜牧科技有限公司2008年从加拿大引进866头原种种猪后，又与FAST公司合作，并买断该公司生猪育种专利技术，进口优质种猪冻精，对本场种猪持续改良，种猪性能达到了国际先进水平，有效解决了“引种—繁育—退化—再引种”的技术难题，成功评为国家生猪核心育种场。全市在2009年启动生猪换种工程，市、县财政对养殖户淘汰更换外血缘纯种猪予以补贴。截止2012年底，9县（市、区）共更换优质外血缘纯种种猪2万余头。全市现有外血缘祖代种猪场18个，存栏种猪30149头（其中有5个场存栏种猪在1000头左右），年可提供LY（YL）母猪约18万多头。由于生猪散养户的加速退出，全市生猪规模养殖迅速发展，存栏母猪25头以上的自繁自养猪场达5600多个，存栏二杂母猪31.2万头，年产三杂仔猪600多万头。蓬安县协力猪场存栏外二杂母猪3000多头，年产DLY仔猪6万多头，仪陇温氏公司正在加紧建设5000头种猪规模的商品仔猪繁育场。
南充市还依托国家生猪良种补贴项目，规范建设了一批生猪标准化人工授精站，现有生猪人工授精站134个，存栏优质种公猪1785头，年改良配种近90万窝（次），生猪人工授精面达85.6%，生猪三杂面达86.7%，其中外三杂面达 65.0%。完善的生猪良繁体系，推动了全市生猪产业健康快速发展，肉猪品质不断提升，为国家优质商品猪战略保障基地建设打下了坚实的基础。
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