基层检疫站点是服务“三农”的窗口和联系养殖户的纽带。云南省坚持把基层阵地建设、队伍建设作为重中之重，按照“工作规范化、形象标准化、手段信息化、条件现代化、管理痕迹化”的标准，全力推进乡镇动物检疫申报点、屠宰检疫室、指定通道检查站规范化建设。制定建设标准、建设任务、进度安排、验收标准、经费保障等方案，明确了人员配备、软硬件条件、标准样式及效果图，全面部署安排基层站点规范化建设工作。
云南省以提升动物卫生监督机构社会形象为重点，突出动物卫生视觉识别标识，统一外观设计、标识标牌、检疫着装、公示制度等规范建设。省级财政每年投入建设经费500万元，各州市、县区整合生猪调出大县、畜牧生产发展等产业发展资金，累计安排6000余万元推进站点建设。同时，按照“县级自评、州市验收、省级抽查”程序，成立考核工作小组，严格对照60项考核验收标准，对站点建设开展逐项量化考核评审和现场验收，确保建设质量和效果。目前，全省已建成规范化站点700余个，基本覆盖了重点养殖区域、重点监管场所。
与此同时，云南省坚持把信息化建设与规范化管理相结合，用信息化手段提升行业管理、检疫出证规范化水平。全面推进信息化建设，实现与西南地区各省动物A证互联互通。推动实现“三个闭环”管理，排查处置官方兽医违规出证线索20余起。创新开发动物交易市场管理模块，实现动物交易市场进出场动物检疫闭环管理，降低基层检疫出证风险。大力推进主体赋码，完成1.5万个畜禽运输主体、58万户养殖场（户）赋码，初步实现了畜牧生产主体电子身份证管理，依托智慧监管推动实现兽医治理能力现代化。
