据估算，全国每年产生畜禽粪污38亿吨，综合利用率不到60%；每年生猪病死淘汰量约6000万头，集中的专业无害化处理比例不高。为此，2016年8月，农业部、国家发展改革委、财政部、住房和城乡建设部、环境保护部、科学技术部六部委联合发布《关于推进农业废弃物资源化利用试点的方案》的通知，要求将农业废弃物资源化利用作为农村环境治理的重要内容，而畜禽粪污处理是废弃物处理的重要组成部分。
以下为方案的主要的主要内容：
一、处理目标
围绕解决农村环境脏乱差等突出问题，聚焦畜禽粪污、病死畜禽、农作物秸秆、废旧农膜及废弃农药包装物等五类废弃物，以就地消纳、能量循环、综合利用为主线，采取政府支持、市场运作、社会参与、分步实施的方式，注重县乡村企联动、建管运行结合，着力探索构建农业废弃物资源化利用的有效治理模式。力争到2020年，试点县规模养殖场配套建设粪污处理设施比例达80%左右，畜禽粪污基本资源化利用;病死畜禽基本实现无害化处理。
二、处理途径
畜禽粪污。围绕收集、处理、终端产品利用等关键环节，促进资源化利用。一是对不能自行处理废弃物的中小规模养殖场、养殖小区及散养户，实行干湿分离，干粪生产有机肥，尿液污水进行发酵处理，完善畜禽粪污收集、堆沤积肥、有机肥加工等设施设备;二是由专业化公司、农民合作社或养殖场成立专门机构，开展农村沼气工程专业化建设、管理、运营，建设原料收集存储和预处理系统、厌氧消化系统、沼气沼肥利用系统、智能监控系统等设施设备，实现沼气高值高效利用，沼渣沼液充分还田或生产商品化有机肥。
病死畜禽。围绕收集、暂存、处理等关键环节，促进无害化处理。健全完善病死畜禽收集暂存体系，建设专业化病死畜禽无害化处理中心，配备相应收集、运输、暂存和冷藏设施，以及无害化处理设施设备。有条件的地方探索开展副产品深加工，生产工业油脂、有机肥、无机炭等产品。
三、处理模式
综合考虑区域地型地貌、气候特点、产业现状、生产生活方式和市场需求等因素，按照环境问题相近、强化源头治理的原则，聚焦种养密集区，将试点重点布局在南方丘陵多雨区、南方平原水网区、北方平原区三个类型区。每个区域以种养大县为基点，自主选配、科学组合相应的综合利用模式。
一是南方丘陵多雨地区“1+N”组合。集中在长江以南的广大区域，丘陵山地地形复杂，垂直分异明显，气温较高、雨量丰沛，全年日照1600—2500小时，人多地少，水热资源丰富，一年四季适宜种植，散养与规模养殖并存。本地区农村环境突出问题是畜禽粪污随意排放、病死畜禽无害化处理不足，可优先采用“病死畜禽无害化处理中心+若干畜禽粪污资源化利用点”模式开展综合治理。
二是南方平原水网地区“1+N+N”组合。集中在长江中下游区域，地形平坦、土壤肥沃、湖泊众多、水热资源丰富，全年日照1600—2500小时，一年四季适宜种植，畜禽养殖方式以规模化为主。本地区农村环境突出问题是畜禽粪污、病死畜禽和农作物秸秆综合利用程度不高，可优先采用“病死畜禽无害化处理中心+若干畜禽粪污资源化利用点+若干农作物秸秆综合利用点”模式开展综合治理。
三是北方平原地区“1+N+N+1”组合。集中在华北平原、东北平原及西北部分地区，地面辽阔平坦、土壤肥沃，区域夏季暖热，冬季寒冷，以一年一熟、一年二熟为主，水热资源不均，畜禽养殖方式以规模化为主。本地区农村除畜禽粪污、病死畜禽、秸秆利用不高外，地膜残留问题突出，根据实际需求，可优先采用“病死畜禽无害化处理中心+若干畜禽粪污资源化利用点+若干农作物秸秆综合利用点+废旧农膜(废弃农药包装物)回收与处理中心”模式开展综合治理。
四、试点选择
优先选择工作有基础、种养殖规模较大、地方有积极性的国家现代农业示范区、国家农业科技园区、农村综合改革试验区，以及国家农业可持续发展试验示范区所在县市开展试点。2016年，结合现有投资渠道在30个左右的县(市)开展试点。
