江门农业污染主要有畜禽养殖业、种植业、水产养殖业、林业、农作物残留物污染以及农村居民生活垃圾污染等六类污染源。其中养殖业对饮用水的污染占了较大比例，主要集中在猪、鸡、鸭、鹅等畜禽上，传统式的排放足以把江水变脏。
毋庸置疑，实施畜禽养殖分区治理，划定禁养区、限养区和适养区，对于治理农业污染源具有重要意义，但这还仅仅是第一步。因为农业污染源治理是一个系统工程，不可能仅靠一项措施就取得成功。在实施畜禽养殖分区治理的基础上，我们还要加强后续监管。在这方面，国内并不缺乏前车之鉴。早在2006年，某市就制定了饮用水源禁养区，规定水源周边200米以内不能进行禽畜养殖。但制度建立后监管却跟不上，村民在禁养区内陆续开了300多家养殖场。到了非整治不可的时候，才发现难度和阻力比想象中的要大得多，单是补偿关闭、搬迁这一项，每平方米就高达300元，要完成整治，财政至少要拿出四五千万元。
当然，减少生物排泄物污染，对现有养殖场进行环保升级，也是一个好的选择。对那些有条件实施环保养殖的企业，引导其把畜禽的排泄物收集起来，通过一系列的生物技术和发酵、腐熟等无害化处理，转变成无污染的有机肥，投放市场。这样既能赚钱，又可进一步减少养殖业的污染。养殖户从中看到有利可图，积极性就会高涨。
考虑到除了畜禽养殖业以外，种植业造成的污染也比较大，我们也有必要予以大力治理。首先要从源头上预防种植业污染，大力推广科学生态耕种。农户喜欢使用化肥农药，是因为缺乏相关的营养配方知识和生态杀虫技术。目前测土配方施肥已覆盖全市，但还未从根本上改变传统的种植习惯。我们应根椐不同环境指导农民种植优质作物，用有机肥代替化肥；通过构建生态食物链，不用农药也可以防止病虫害，走出“为了高产必须使用大量化肥农药，势必对土壤和水体造成污染，污染之后又要进一步加大化肥农药量，在更大程度上造成污染”的恶性循环。
