据了解，将工商、质监等部门的相关食品安全监管职能划入后，该局为新疆人民政府直属机构，挂新疆食品安全委员会办公室牌子。而原有的食品安全监管处职能进一步扩大：囊括了食品生产、流通、消费领域的安全监管及综合协调职能。
食品安全将集中监管
据了解，区食药监局原本仅有一个食品安全监管处，其监督管理职责也仅限于餐饮服务食品安全监管工作，包括承担餐饮服务环节食品安全监管工作，发布相关信息，组织开展餐饮服务食品安全违法行为的查处工作等。
而机构改革调整后的区食药监局，将分别设立食品生产监管处和食品流通消费监管处，分别负责生产、流通、消费领域的食品安全监管工作。
同时还设立了风险监测与应急管理处，承担食品药品监督管理统计工作，分析预测食品安全总体状况，组织开展食品安全风险预警和风险交流等工作，肩负食品安全的应急、指导、协调等职能。
该局下属的稽查局还增加了“组织查处跨区域及重大食品药品安全违法案件；拟订食品、药品、医疗器械、化妆品稽查制度；监督实施、负责食品药品行政执法与刑事司法衔接；组织开展互联网违法食品信息的监测和查处”等职能。
进一步加强事中、事后监管
此次机构改革还与一批行政审批事项改革同时进行。
包括取消执业药师的继续教育管理等职责；增加承担由国家食品药品监督管理总局下放的药品、医疗器械质量管理规范认证等职责；并进一步将卫生厅、新疆质量技术监督局等相关部门负责的部分职能整合入区食药监局统筹管理范围之内。
如原归属卫生厅承担的食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故、统一发布食品安全信息、贯彻国家食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范职责，划入区食药监局。
区食药监局的管理理念也将发生变化，更加侧重于事中、事后监管，进一步发挥市场机制、社会监督和行业自律作用，建立让生产经营者成为食品药品安全第一责任人的有效机制。构建防范区域性、系统性食品药品安全风险机制。
此外，还将推进食品药品检验检测机构整合，公平对待社会力量，提供检验检测服务，完善行政执法与刑事司法有效衔接机制，推动加大对食品药品安全违法犯罪行为的依法惩处力度。
有望根治“九龙治水”
对于新组建的区食药监局各项职能的转变，业内专家指出，此举有望根治以往“九龙治水”的局面，将从更深更广的层面上扞卫全区食品药品安全。
该专家表示，在机构改革以前，涉及食品的多个环节由其他部门管理，如质监部门管理食品的生产环节，工商部门管理食品的流通环节，所以碰到问题时难免会出现“管理边界不清”,甚至是“管理交错在一起”的局面。一旦出现问题，难免会出现互相推诿，甚至懈怠或疏漏的情况发生。
今后，食品、药品、保健食品、化妆品、医疗器械等全部归口于食药监局管理，“一旦发生了食品药品安全问题，会由主管领导统一协调、管理，从而有效避免可能存在的监管不到位。”该专家表示。
同时，在新组建的机构中，稽查局的职能也发生了变化，如增加的“组织查处跨区域及重大食品药品安全违法案件”,这在实际上赋予了稽查局行政执法权，有利于增强对食品药品问题的打击力度，全面保障全区范围内的食品药品安全。
新疆食品药品监督管理局职责有变化
增加的职责：
承担国家食品药品监督管理总局下放的各项职责，如药品、医疗器械质量管理规范认证职责、药品再注册以及不改变药品内在质量的补充申请行政许可职责、国产第三类医疗器械不改变产品内在质量的变更申请行政许可职责、进口非特殊用途化妆品行政许可职责、药品委托生产行政许可职责。
取消或下放的职责：
1.取消或下放由新疆人民政府公布取消或下放的行政审批事项和需要取消或下放的其他职责。
2.取消执业药师的继续教育管理职责，工作由新疆执业药师协会承担。
整合的职责：
1.将原新疆食品安全委员会办公室的职责、原新疆食品药品监督管理局的职责、质量技术监督局的生产环节食品安全监督管理职责、工商行政管理局的流通环节食品安全监督管理职责，划入新疆食品药品监督管理局。
2.将卫生厅承担的食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故、统一发布食品安全信息、贯彻国家食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范职责，划入新疆食品药品监督管理局。
3.将新疆质量技术监督局化妆品行政许可，强制检验的职责，划入新疆食品药品监督管理局。
4.将新疆质量技术监督管理局医疗器械强制性认证的职责，划入新疆食品药品监督管理局并纳入医疗器械注册管理。
5.将化妆品生产行政许可与化妆品卫生行政许可整合为一项行政许可。
6.将药品生产行政许可与药品生产质量管理规范（GMP）认证逐步整合为一项行政许可。
7.将药品经营行政许可与药品经营质量规范管理（GSP）认证逐步整合为一项行政许可。
加强的职责
1、转变管理理念，创新管理方式，充分发挥市场机制、社会监督和行业自律作用，建立让生产经营者成为食品药品安全第一责任人的有效机制。
2.加强食品安全制度建设和综合协调，完善药品标准体系、质量管理规范，优化药品注册和有关行政许可管理流程，健全食品药品风险预警机制和对地方的监督检查机制。构建防范区域性、系统性食品药品安全风险机制。
3.推进食品药品检验检测机构整合，公平对待社会力量提供检验检测服务，加大政府购买服务力度，完善技术支撑保障体系，提高食品药品监督管理的科学化水平。
4.规范食品药品行政执法行为，完善行政执法与刑事司法有效衔接机制，推动加大对食品药品安全违法犯罪行为的依法惩处力度。
新组建的区食药监局内设15个机构：
办公室、综合处、法制处、食品生产监管处、食品流通消费监管处、风险监测与应急管理处、注册管理处（中药民族药监管处）、药品化妆品生产监管处、药品化妆品市场监管处、医疗器械监管处、稽查局、科技标准和信息化处、新闻宣传处、人事教育处、规划财务处。
