德州分中心的职责是，认真履行《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例赋予职责，实施食品安全风险监测制度，为政府及食品安全监管部门提供技术支撑；组织开展食品污染物、食源性致病菌、食源性疾病风险监测工作，汇总分析监测信息；研究分析辖区内食品安全风险趋势和规律，及时向有关部门提出风险预警建议；参与制定并开展辖区内食品安全风险监测、预警相关科研和培训工作；指导县级食品安全风险监测机构开展相关工作；承担上级卫生行政部门交办的其他食品安全风险监测任务。
近几年来，市疾控中心积极争取到国家发改委140万元国家专项经费，整个项目资金总额达到了467万元，新增了高效液相色谱仪、电感耦合等离子体光谱仪、三重四级杆液质联用仪、三重四级杆气质联用仪、石墨炉原子吸收分光光度计等大型检测设备。同时，充实、调配相关科室食品安全风险监测专业人员，完善工作规程与操作程序，强化业务学习培训，全面实现质量管理与控制，确保了市疾控中心食品安全风险监测整体能力的提升。
通过实验室资质认定（计量认证）和食品检验机构资质认定，目前市疾控中心已具备资质的有食品类的38个产品和134个产品的1875个参数，非食品类的31个产品和65个产品的760个参数，能够检测食品中多项重金属污染物、农药残留、真菌毒素、抗生素残留、激素、非法添加物等，对于食品中微生物检验项目具备了全部检测能力（资质）。2013年德州市疾控中心食品安全风险监测工作已进入全省市级疾控中心前列，已成为了山东省七个食品安全风险监测区域中心实验室之一。
