建立食品安全风险防控体系
由于深圳90%的食品和食品原料都依靠外部输入，亟须建立一套科学高效的食品安全风险防控体系和基于风险防控基础上的食品安全追溯体系。因此条例规定，对食源性疾病、食品污染以及食品中的有害因素进行监测，对监测结果进行风险评估，并采取相应的危害控制措施。
如果评估结论表明存在食品安全隐患的，市食办上报市政府和上级主管部门的同时，将采取相应的措施预防和控制风险。发生食品安全事故或者情况紧急、可能引发突发事件的，根据需要实施责令暂停购进、销售相关食品等临时控制措施。必要时，经市政府批准，可以对相关企业、区域生产的同类食品采取相应的临时控制措施。
市场监管局还表示，对于未制定食品安全国家标准、行业标准或者地方标准，且需要统一规范的有关公众身体健康和生命安全的食品安全技术要求，深圳今后将制定特区技术规范。同时，鉴于食品领域专业性强的特点，市政府将成立食品安全专家委员会，借助专业力量解决相关风险评估与行业监管问题。
建立食品安全信用档案
建立完善的食品安全信用体系，已被国外食品安全监管部门的实践证明是行之有效的监管措施。此次条例拟规定食品安全监管部门应建立食品生产经营者的食品安全信用档案，如实记录履行职责过程中生成的与食品生产经营者食品安全信用状况有关的记录，以及按约定方式向企业、行业协会、社会中介机构和其他组织征集的反映食品生产经营者食品安全信用状况的记录。
同时，食品生产经营者存在严重失信行为的，该局也可以通过电视、报刊、广播、互联网等媒体予以曝光。
餐饮违法行为拟实行"累积记分制"
在餐饮行业的日常监管中，执法人员发现某些违法经营行为屡教不改、屡罚不止，因此在借鉴香港食品安全监管经验和国内交通违法记分制的基础上，确立了餐饮违法行为的累积记分制，以预防和减少食品安全事故。
针对消费者投诉热点和媒体曝光热点的散装食品和餐饮具集中清洗消毒两大问题，该局称，通过对散装食品销售过程中容易产生食品安全风险的节点的分析，以及对全市散装白酒和散装食用油经营情况和市场需求的调查，拟禁止在全市销售散装白酒和散装食用油。而对从事餐饮具集中清洗消毒的经营者则拟实施行政许可，以加强监管。
此外，在无证生产经营的法律责任上，条例此次首先细化了生产、流通、餐饮服务不同环节对无证生产经营的法律责任，如无证生产的罚款额比无证销售的罚款额重；无证从事餐饮服务活动的罚款额不以货值金额来衡量。
其次，对超越许可范围或超过许可证有效期从事食品生产经营活动的行为，作了更贴近实际的罚则规定，即先责令停止超范围生产经营，并限期申请相应许可，或者责令限期申请延续许可，拒不执行的，才处以罚款。另外，由于无证生产经营并不等于生产经营有毒有害食品等危及人体健康安全的严重违法行为，因此拟不再执行"一刀切"地没收工具、设备的规定。
