南非爆发的李斯特菌感染与加工肉类有关，这一结果由南非国家卫生实验局Juno Thomas研究组取得。2020年2月13日出版的《新英格兰医学杂志》发表了这项成果。
研究组进行了流行病学、回溯和环境调查，并采用全基因组测序对单核细胞增生李斯特菌分离株进行了分型。2017年6月11日至2018年4月7日，实验室确认1例单核细胞增生李斯特菌感染。
共发现937例感染，其中728名患者中有193名（27%）死亡。对609例患者的临床分离株进行了测序，567例（93%）被鉴定为6型序列（ST6）。在病例对照分析中，与非ST6感染者相比，ST6感染者中有很多人食用了香肠，优势比为8.55。
香肠和环境样本也分离出了ST6菌株，这些菌株与患者的菌株属于同一核心基因组多位点序列分型簇，差异不超过4个等位基因；这些发现表明，在某个工厂生产的香肠是疫情源头。从该工厂召回香肠后，单核细胞增生李斯特菌ST6感染率迅速下降。
综上，全基因组测序有助于发现疫情，指导回溯调查，从而锁定源头。
