然而，在该项制度建设中，目前依然存在几个方面的问题：
一是社会层面认识不足。人们在畜禽产品的消费过程中，很大程度上对产品质量的信任，还是以市场环节为主，忽视了产品的源头和来源。
二是总体上看投入不足。畜禽产品溯源制度建设，无论是溯源系统建设还是畜禽产品生产的流通、监管和生产地基础设施建设等投入都嫌不足。
三是监管环节推动乏力。在畜禽产品生产监管环节，由于责任、风险、监测检测等问题而造成监管多头，体系建设不完备，追责机制缺乏力度，甚至还有地方保护主义等因素，致使畜禽产品溯源制度建设推动乏力。
四是源头建设热情缺乏。由于产品生产经营形式、系统建设资金投入、生产经营成本、品牌打造等方面的制约，畜禽产品生产者对溯源系统和制度建设的热情并不高。
笔者认为，建立畜禽产品溯源制度，需从以下方面着力。
1．加强畜禽产品溯源制度建设对农产品质量安全保障意义的宣传，让消费者对整个畜禽产品生产、流通都有全面了解，形成全民监管，促进畜禽产品生产者和流通环节采取必要措施，自觉保障畜禽产品质量安全。
2．加大对畜禽产品溯源系统、畜禽产品生产源头基础设施建设的投入。要加大平台建设，使系统资源覆盖到畜禽产品生产的各个环节；加强畜禽产品生产源头的基础设施建设，按照畜禽产品生产要求，改善产品生产条件，降低生产成本，提高产品质量；加快培育优势畜禽产品和品牌畜禽产品，满足市场需求。
3．明确相关部门的职能职责，强化监管，确保产品信息的准确性。要厘清部门责任，分门别类，强化监管，将各项监管责任落实到源头，到流通环节，到畜禽产品生产的投入品，使畜禽产品产供销所有环节都纳入监管；加强畜禽产品生产环节的指导和引导，及时更新产品信息，准确发布信息，推进产销对接。
4．加快畜禽产品生产标准化建设。简化畜禽产品质量认证许可程序，加快畜禽产品生产标准化场地建设，加强优势产品品种研究和科技成果转化，积极推广畜禽产品生产新技术，培育品质好，产量高的优势畜禽产品，为消费者提供安全放心的畜禽产品和食品，实现畜禽产品生产提质增效的目的。
